Priprema uzoraka za metaboličku, proteomičku i glikomičku analizu


Organski spojevi kao polifenoli ili porfirini dolaze u prirodi i česti su sastojci hrane. Ti spojevi često pokazuju pozitivne fiziološke učinke i u novije vrijeme imaju primjenu kao sastojci zdrave hrane, antitumorski ili antimikrobni agensi, te kao antioksidansi. Moderna organska kemija omogućava sintezu sličnih spojeva ili modifikaciju prirodnih derivata u svrhu njihova optimiranja. Ti spojevi, prije svega porfirini i razni piridinski derivati se na našem Odjelu testiraju na njihovu antitumorsku i antimikrobnu aktivnost. Preliminarni pokusi na tom području objavljeni u zadnjih nekoliko godina pokazuju ohrabrujuće rezultate. Testiranje tih spojeva na njihovu biološku aktivnost obavlja se u kulturi stanica i na životinjskim modelima. Rezultati njihova djelovanja mogu se pratiti određivanjem koncentracije raznih staničnih komponenti, tzv. biomarkera. Prvi korak u tom smjeru je dezintegracija stanica i izolacija organela kao njihovih komponenti u svrhu daljnje optimizacije procesa frakcioniranja. Daljnja dezintegracija i frakcioniranje u svrhu pojednostavljivanja kompleksnosti uzorka se postiže ekstrakcijom makromolekularnih komponenti, te niskomolekularnih metabolita, na osnovu njihove hidrofobnosti, te njihovog razdjeljivanja uporabom kromatografskih i elektroforetskih metoda. Ovisno o tipu komponente koja je potencijalni biomarker govori se o genomici (sastav genoma), proteomici (proteini), glikomici (glikani), metabolomici (metaboliti) itd. Ove se komponente određuju i kvalitativno i kvantitativno, najčešće uporabom (mikro) kromatografskih metoda i metoda masene spektrometrije, te njihovom kombinacijom. Zadnji korak do konačne analize je daljnja priprema uzorka, najčešće enzimskom digestijom, te separacija produkata razgradnje uporabom mikrokromatografskih metoda. Ovo je kritičan korak s obzirom i na točnost i na brzinu analize, te je neophodno uvođenje brzoprotočnih metoda. Masena spektrometrija praćena statističkom obradom podataka je konačna metoda odabira na ovom putu, a konačni cilj je određivanje biomarkera koji pokazuju rezultate biološke aktivnosti testiranih supstanci. Ovaj projekt ima za cilj optimiranje navedenih analitičkih metoda.


Istraživački tim
Dr.sc. Nela Malatesti, docent nela.malatesti@uniri.hr
Dr.sc. Roberto Antolović, redoviti profesor rantolovic@biotech.uniri.hr
1727 photo.jpg crop

Prof.dr.sc ĐURO JOSIĆ

Odjel za biotehnologiju

prostorija: O-805
e-pošta: djosic@biotech.uniri.hr
mobitel:

Google scholar

MEĐUNARODNA VIDLJIVOST:
CITATIH-INDEXI10-INDEX